حجم عظیم سرمایه گذاری کشور در صنعت آب به ویژه در موضوع سدهای واقع بر رودخانه ها و تهدید سرمایه های مذکور توسط سیلاب، آب بردگی دریا و رسوبات حاصل از فرسایش توسط حوضه های آبریز، لزوم تربیت نیروی انسانی متخصص در این زمینه را نشان می دهد. هدف این رشته نیز تربیت چنین افرادی است.

مهندسی رودخانه (انگلیسی: River engineering) یکی از گرایش‌های مهندسی عمران است که به مطالعه و شناسایی هرچه عمیق‌تر مسائل فرسایش و رسوب در رودخانه، کنترل سیلاب و سامان دهی رودخانه می‌پردازد.

این رشته علمی در مورد کلیه مراحل مطالعه و برنامه‌ریزی، طراحی، اجرا و بهره‌برداری جهت بهبود و یا تغییر وضعیت موجود یک رودخانه به منظور برآورد نیازهای عمرانی بحث می‌کند.

همه رودخانه‌ها در معرض تغییر و تحول قرار دارند و کارهای مهندسی رودخانه در راستای بررسی تغییر بده، مطالعه بده رسوبی، مسیر رودخانه، عمق آبراهه، پهنه سیل‌گیر و کیفیت آب مورد نیاز است. روش‌های معمول در راه رسیدن به این اهداف استفاده از سازه‌های مختلف به تنهایی یا ترکیبی از آن‌ها مثل سد، سیل‌بند خاکی یا بتنی، پوشش بدنه، آب‌شکن یا به‌کار گرفتن راه‌حل‌های قدیمی مثل لایروبی می‌باشد.

از جمله مباحث مهم در مهندسی رودخانه شناخت شکل رودخانه (مرفولوژی)، تثبیت، سواحل و بستر رودخانه، کانالیزه کردن و کنترل سیلاب است.
متخصصین رشته مهندسی رودخانه در موضوعاتی از قبیل: طراحی تأسیسات کنترل سیلاب و اصلاح مسیر جریان رودخانه ای، تجزیه و تحلیل اثرات پروژه های مهندسی رودخانه بر روی مسایل زیست محیطی و یا اثرات اقتصادی و اجتماعی این پروژه ها  تخصص لازم را به دست خواهند آورد.